1．一級結構的加工修飾：
⑴N端甲酰蛋氨酸或蛋氨酸的切除：N端甲酰蛋氨酸是多肽鏈合成的起始氨基酸，必須在多肽鏈折迭成一定的空間結構之前被切除。其過程是：① 去甲?；?；② 去蛋氨?；?。
⑵氨基酸的修飾：由專一性的酶催化進行修飾，包括糖基化、羥基化、磷酸化、甲?；?。
⑶二硫鍵的形成：由專一性的氧化酶催化，將-SH氧化為-S-S-。
⑷肽段的切除：由專一性的蛋白酶催化，將部分肽段切除。
2．高級結構的形成：
⑴構象的形成：在分子內伴侶、輔助酶及分子伴侶的協助下，形成特定的空間構象。
⑵亞基的聚合。
⑶輔基的連接。
3．靶向輸送：蛋白質合成后，定向地被輸送到其執行功能的場所稱為靶向輸送。大多數情況下，被輸送的蛋白質分子需穿過膜性結構，才能到達特定的地點。因此，在這些蛋白質分子的氨基端，一般都帶有一段疏水的肽段，稱為信號肽。分泌型蛋白質的定向輸送，就是靠信號肽與胞漿中的信號肽識別粒子（SRP）識別并特異結合，然后再通過SRP與膜上的對接蛋白（DP）識別并結合后，將所攜帶的蛋白質送出細胞。
信號肽假說：信號肽位于新合成的分泌蛋白N端。對分泌蛋白的靶向運輸起決定作用。
①細胞內的信號肽識別顆粒（SRP）識別信號肽，使肽鏈合成暫時停止，SRP引導核蛋白體結合粗面內質網膜；
②SRP識別、結合內質網膜上的對接蛋白,水解GTP使SRP分離，多肽鏈繼續延長；
③信號肽引導延長多肽進入內質網腔后，經信號肽酶切除。分泌蛋白在高爾基體包裝成分泌顆粒出胞。
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